La historia comienza cuando un malvado hechicero llamado Agahnim (que en realidad es Ganondorf gracias a la revelación de la segunda doncella acerca de el), mata al rey de Hyrule, encierra a las descendientes de los sabios y se apodera del reino por motivos desconocidos. Nuestro héroe Link, recibe telepáticamente una llamada de auxilio proveniente de la princesa Zelda, despertándolo. Su tío y Link son los últimos descendientes de una familia que se encarga de proteger a la familia real, éste le indica a link que no salga de la casa, mientras él se dirige al castillo para intentar salvar a la hija del rey, Zelda. Link a pesar de todo, va en bu